女性の月経期間中は「神社にお詣りに行ってはいけない」は、「穢れ」ているからと言われています。
他に、妊娠中、産後も神社に行ってはいけないとの期間があります。
その真髄は、月経などの期間の女性は、精神的、肉体的に不安定であり、静養が必要な為です。
「初宮詣」と産後の静養が終わった頃の名残です。
もう一つは、巫女さんとして神様に仕える女性達の禁止事項だったとも言われています。
神社では「血・出血」は穢れとしてタブーとされていますので、巫女としての職務内容に制限が出てきます。
制限として、本殿などの特に神聖なエリアに入ってはいけない、祭典や神楽舞の奉仕を行わない、などがあります。
ただし、神社の鳥居をくぐらずに鳥居の横を通ればいいとも聞いたことがあります。